2016年，农业部将从五个方面强化兽医卫生监督执法工作。
一是加强监督执法规范化建设。认真落实《中共中央关于全面推进依法治国若干重大问题的决定》，严格规范公正文明执法。落实行政执法责任制，严格执行《农业部畜牧兽医行政执法六条禁令》和屠宰检疫“五不得”，坚决惩治不作为、乱作为和执法腐败现象。严格落实《农业行政处罚信息公开办法》，及时公开有关行政处罚案件信息，接受社会监督。以法律法规和执法实务为重点，加强执法人员培训考核，提高执法人员的政治素质和业务能力。
二是严格养殖运输屠宰环节监督执法。强化养殖档案管理，掌握辖区内动物疫病防控、病死动物无害化处理等方面的动态变化情况。严格落实动物检疫申报和产地检疫制度。进一步研究规范犬猫检疫监管。严格落实跨省调运种用动物、乳用动物检疫审批制度，开展跨省调运种用动物、乳用动物专项整治行动。探索建立以动物防疫条件、动物疫病区域化管理和动物疫病检测结果为前提的活畜禽跨省调运产地准出制度。完善原产地、目的地检疫监管信息共享机制，严防动物疫病跨区域传播。严格屠宰检疫，强化生猪屠宰专项整治，组织开展生猪屠宰监管“扫雷行动”，加大对乡镇小型屠宰场点“代宰”行为和屠宰废弃物无害化处理的整治力度。积极推行网格化监管、黑名单管理制度，严格管理薄弱环节和问题场所，推动落实企业主体责任。
三是规范动物诊疗场所监督管理。完善动物诊疗机构和兽医执业管理制度，强化动物诊疗机构日常监管和执法检查，进一步规范动物诊疗市场。
四是强化兽医实验室监督管理。严格动物病原微生物高级别生物安全实验室资格和实验活动审批，规范动物病原微生物菌（毒）种保存使用监管。组织做好兽医系统实验室考核、检测能力比对工作。开展辖区内兽医实验室基本情况及生物安全管理情况摸底调查。严厉打击违反实验室生物安全管理法律法规的行为。
五是完善病死畜禽无害化处理机制建设。贯彻落实《国务院办公厅关于建立病死畜禽无害化处理机制的意见》，完善保障措施，创新工作模式，加快病死畜禽无害化处理机制建设，对养殖、运输、屠宰等环节产生的病死畜禽严格进行无害化处理，确保不出现大规模乱抛病死畜禽危害环境和食品安全现象。